Zum 01.10.1993 übernahm die Eisenbahn und Häfen GmbH als Dienstleister den Werkbahnbetrieb in Krefeld. Die Fahrzeuge wurden in das Nummernsystem von EH integriert. Allerdings wurden sie bis auf eine Maschine bereits innerhalb der folgenden zwei Jahre ausgemustert.

Nach der Übernahme der Betriebsführung wurde in Krefeld der Bahnbetrieb insbesondere mit Krauss-Maffei-Loks des Typs MH 05 durchgeführt, da diese Lokomotiven aufgrund ihrer EBO-Zulassung selbständig zwischen Duisburg und Krefeld getauscht wurden konnten.

In den folgenden Jahren wurden einzelne Betriebe stillgelegt oder veräußert, so dass sich das Werk zu einem Industriepark wandelte. Einher mit dieser Transformation ging ein kontinuierlicher Rückgang der Transportleistungen, so dass der Bahnbetrieb in Tagesschichten mit einer einzelnen Lok abgewickelt werden kann.